Sebelum Restorasi Meiji, kota ini dikenal sebagai Edo (江 戸). Keshogunan Tokugawa didirikan pada tahun 1603 dengan Edo sebagai pusat pemerintahan (de facto). (Kediaman Kaisar, dan modal formal, tetap di Kyoto, kota itu sebenarnya telah menjadi ibu kota Jepang sampai saat itu.) Pada tahun 1868, ketika keshogunan berakhir, kota ini berganti nama menjadi "Tokyo" yang berarti "Ibu Kota Timur "; selama restorasi, kaisar pindah ke Tokyo, membuat kota formal maupun de facto ibukota Jepang.
Sebuah gempa bumi besar melanda Tokyo pada 1923, menewaskan sekitar 70.000 orang; sebuah rencana rekonstruksi yang disusun, tapi terlalu mahal untuk melaksanakan kecuali di bagian. Walaupun demikian, kota tumbuh sampai awal Perang Dunia II. Selama perang, Tokyo dibom, banyak dari kota itu dibakar sampai rata dengan tanah, dan penduduknya pada tahun 1945 hanya setengah dari 1940.
Jenderal Douglas MacArthur Pekerjaan mendirikan markas besar di tempat yang sekarang menjadi Dai-Ichi Seimei bangunan yang menghadap ke Imperial Palace dan, pada masa pasca-perang tahun, dan terutama dirangsang oleh Perang Korea, Jepang mengalami keajaiban ekonomi yang mengarah dari pasca-perang perampasan untuk keberhasilan ekonomi yang luar biasa. Dalam proses, Jepang masuk dan sangat sering datang untuk mendominasi berbagai industri termasuk baja, pembuatan kapal, mobil, semi-konduktor, elektronik konsumen.
Meskipun resesi setelah ledakan dari "gelembung ekonomi" di awal 1990-an menyakiti kota, Tokyo telah menjadi salah satu ibukota negara paling dinamis di dunia. Luar biasa ini memiliki berbagai kegiatan sosial dan ekonomi, dengan berbagai restoran dan klub, besar distrik finansial, kekuatan industri yang luar biasa, kekayaan toko dan hiburan kesempatan. Boom investasi akhir 1980-an mungkin adalah yang terbesar yang pernah dikenal dunia (seperti yang dinilai misalnya dengan tingkat pengeluaran bangunan dalam kaitannya dengan ukuran ekonomi) dan, sebagai akibatnya, Tokyo mempunyai modal yang sangat lebih modern saham ( bangunan) dibandingkan, misalnya, London atau New York.
Pada 20 Maret 1995, kota ini menjadi fokus perhatian media internasional di bangun dari sekte Aum Shinrikyo organisasi teroris menyerang dengan gas saraf Sarin di Tokyo sistem kereta bawah tanah (di dalam terowongan di bawah distrik politik pusat di Tokyo) di mana 12 orang terbunuh dan ribuan terpengaruh.